Sono dodici i Dipartimenti della Federico II ammessi al finanziamento riservato ai "Dipartimenti di Eccellenza" e rappresentano tutte le Scuole dell'Ateneo istituito 800 anni fa dall'imperatore Svevo Federico II.

L'elenco dei 350 Dipartimenti di Eccellenza (di cui solo 180 hanno avuto il loro progetto finanziato) stilato dal MUR per la qualità della ricerca sulla base della valutazione dell'ANVUR - Agenzia Nazionale per la Valutazione della Ricerca - ha incluso 15 Dipartimenti federiciani.

Tra questi hanno vinto il bando competitivo i Dipartimenti di:

• Agraria

• Architettura

• Farmacia

• Ingegneria Chimica, dei Materiali e della Produzione Industriale

• Ingegneria Elettrica e delle Tecnologie dell'Informazione

• Ingegneria Industriale

• Scienze Chimiche

• Scienze Economiche e Statistiche

• Scienze Mediche Traslazionali

• Scienze Sociali

• Strutture per l'Ingegneria e l'Architettura

• Studi Umanistici