I Poli sono aggregazioni di strutture per la didattica, per la ricerca e di servizio volti a conseguire, anche attraverso la riarticolazione territoriale, il decentramento strutturale, funzionale e amministrativo dell'Università e a favorire una maggiore flessibilità nello svolgimento delle attività didattiche, di ricerca e di servizio. I Poli promuovono e coordinano, fornendo anche le risorse necessarie, le attività delle strutture aggregate al fine di valorizzare le specificità culturali e un più alto livello di integrazione delle risorse, nonché di potenziare le capacità di interazione con il tessuto sociale e produttivo.
(art. 58 Tit V dello Statuto)
Con Decreto Rettorale n.10 del 13.1.1999 è stato costituito il Polo delle Scienze e delle Tecnologie. Afferiscono al Polo le Facoltà di Ingegneria, Scienze MM.FF.NN. e Architettura.
Con Decreto Rettorale n.829 del 8.3.2000 è stato costituito il Polo delle Scienze Umane e Sociali. Afferiscono al Polo le Facoltà di Economia, Giurisprudenza, Lettere e Filosofia, Scienze Politiche e Sociologia.
Con Decreto Rettorale n.830 del 8.3.2000 è stato costituito il Polo delle Scienze e delle Tecnologie per la Vita. Afferiscono al Polo le Facoltà di Agraria, Farmacia, Medicina e Chirurgia, Medicina Veterinaria e Scienze Biotecnologiche.