Il percorso storico del Museo di Anatomia Veterinaria ebbe inizio nel 1798 presso la Caserma di Cavalleria, in contemporanea con l'istituzione della Scuola di Veterinaria. Il suo primo nucleo comprendeva qualche scheletro e poche ossa separate, come materiale di suppor to per l'insegnamento dell'anatomia.
Una prima vera struttura museale si ebbe solo a partire dal 1835, quando il Prof. Ferdinando De Nanzio, allora Direttore della Scuola, stabilì che un'apposita sala fosse utilizzata come luogo di esposizione e come laboratorio didattico ad uso degli studenti. Tra i preparati allora disponibili sono da ricordare gli scheletri di due cavalli da parata, dono di Gioacchino Murat alla Scuola, tuttora presenti nel Museo. Agli inizi del 1840 il Museo si arricchì di importanti preparati, alcuni dei quali allestiti da Vincenzo Mazza, docente di Chirurgia presso la Scuola dal 1821 al 1848. Tra questi é da ricordare un preparato secco di testa e collo di cavallo in cui sono ben conservati tutti i rapporti, oltre che dei muscoli, dei vasi arteriosi e venosi con i relativi nervi (1835).
Le prime notizie di un inventario dei preparati si possono cogliere da una relazione, datata 18.12.1854, compilata dal Consultore di Stato e Presidente provvisorio del Consiglio Generale della Pubblica Istruzione del Regno di Napoli, Cav.
D. Emilio Capomazza.
Successivamente alla cura del Museo si dedicò con fervore e passione il Professore Giovanni Paladino, titolare della Cattedra di Anatomia e Fisiologia comparata dal 1862 al 1902. Egli profuse le sue migliori risorse di studioso verso l'approfondimento delle conoscenze sulle strutture cardiache che culminò nella descrizione di un complesso sistema di connessione tra la muscolatura atriale e quella ventricolare al quale legò il suo nome. Attualmente sono presenti nel Museo numerosi suoi reperti, riguardanti principalmente muscoli degli arti e cuori iniettati di varie specie animali, oltre ad un preparato del nervo di Ludwig e Cyon.
Dai primi del ‘900 e per circa 60 anni la sede del Museo Anatomico rimase al secondo piano della Facoltà di Medicina
Veterinaria, annesso all'Istituto di Anatomia degli animali domestici. Alla Cattedra di Anatomia normale veterinaria nel 1954 fu chiamato il Prof. Antonio de Girolamo ed il Museo Anatomico ebbe un notevole sviluppo con l'allestimento di un gran numero di preparati anatomici di vario tipo; in quegli anni si arricchì anche di una collezione donata dal Professore Vincenzo Diamare, illustre docente di Istologia e Fisiologia presso la Facoltà di Scienze dell'Università di Napoli, comprendente esemplari di fauna mediterranea prevalentemente marina.
Alla fine degli anni sessanta il Museo fu trasferito al terzo piano del vecchio edificio della Facoltà, dove si trova attualmente. In seguito, sotto la direzione del Prof. Gaetano V. Pelagalli, ha accresciuto la sua collezione mediante l'acquisizione di preparati inclusi in resina e di modelli in plastica di diverse specie di animali domestici.
Nel 1998 il Museo entra a far parte del "Sistema Museale" dell'Ateneo.